Aufgrund des Krieges und dessen Auswirkungen wurden Vereinsaktivitäten zunehmend eingeschränkt. Trotz allem erreichte der Verein Anfang 1944 mit 396 Mitgliedern den höchsten Stand in der damaligen Vereinsgeschichte. Durch Bombenangriffe wurden 1943 die Geschäftsstelle mit sämtlichen Unterlagen, die Bücherei und größere Markenbestände vernichtet. Im selben Jahr gingen bei einem weiteren Angriff alle Unterlagen für den Rundsendedienst verloren.

Von 1945 bis 1950 war es INFLA-Berlin durch die Besatzungsmächte untersagt, als Verein in Berlin zu existieren. Deshalb wurde 1946 der Zweigverein West-Deutschland des „Infla“-Berlin gemeinsam mit der „Rhein-Donau-Stempelgilde“ ins Leben gerufen.

Am 6. März 1950 wurde INFLA-Berlin in Berlin wieder zugelassen und besteht seitdem erneut als selbstständiger Verein. Durch die Teilung Deutschlands litten Inflasammler in der DDR zunehmend an Informationsmangel. Eine offizielle Sammlergruppe für dieses Gebiet gab es nicht, aber Kurt Zirkenbach in Halle (Saale) nahm weiter Prüfungen vor.

1952 zählt der Verein 151 Mitglieder, 1954 sind es dann 170 und 1956 wird mit 144 Mitgliedern der Tiefststand erreicht. Jahreshauptversammlungen finden bis 1997 ausschließlich in Berlin statt und viele Sammler finden einen Verein, in dem keine Treffen stattfinden, schlicht unattraktiv. Hinzu kommt die mangelnde Qualität der Inflaberichte, die in hektografierter Form oft kaum leserlich sind. Dieser Mißstand endet mit der Übernahme der redaktionellen Arbeit durch Gotwin Zenker und den Druck durch L. Smidt (beide in Wien ansässig).

1954 wird erstmalig die Kobold-Medaille, die höchste Auszeichnung, die INFLA-Berlin zu vergeben hat, verliehen.